بفصوله وبوّبناه كذلك وذكرنا قائمة الأبحاث المطروحة في كل جزء أوّل ذلك الجزء وكذلك صنعنا في كل باب وفصل وقدمنا تلكم العناوين وجعلناها الأساس غالبا في عناوين الصفحات الفرديّة من « البحر » في كلّ جزء . الحادي عشر : وإذا كان هناك من تقديم وتأخير سهوي في النسخة الحجريّة المطبوعة من « البحر » رتّبناه بشكله المطلوب . الثاني عشر : وضعنا فهرسة كاملة لجميع الأبحاث المطروحة في كلّ جزء من أجزاء الكتاب . الثالث عشر : ووزّعنا أجزاء الكتاب في ثمان مجلّدات . الرابع عشر : لم نتّبع العادة المألوفة في وضع التراجم للأعلام المذكورين في ثنايا أبحاث الكتاب عند أوّل مرّة يأتي ذكرهم ، بل جمعنا التراجم كلّها في خاتمة الكتاب لكي تكون أكثر نفعا للمراجع ، ورتّبناها بحسب القرون وسمّيناها « قبسة العجلان في تراجم الأعيان » . الخامس عشر : علّمنا جميع الموارد التي أشار فيها الشارح إلى مجلس بحث الشيخ وأبرزناها بقلم أكثر وضوحا . السادس عشر : كما أبرزنا جميع الكتب التي أتى ذكرها في « البحر » كذلك . السابع عشر : نبّهنا على مواضع المبتدأ والخبر إذا ابتعد الخبر عن صاحبه بأكثر من عشرة أسطر فصاعدا في الكتاب كلّه إلّا ما زاغ عنه البصر وذلك بابرازه بالقلم الخشن . الثامن عشر : كما أبرزنا جميع الموارد التي حاول الشارح تحرير عبارة الكتاب من جديد بالطريقة السابقة . التاسع عشر : وكذلك في جميع الموارد التي يذكر فيها اختلاف النسخ أو يمدح الشيخ أو يشير إلى مطلب هام يسترعي الانتباه التام . العشرون : ثم إن الطبعة التي اعتمدنا عليها من « الفرائد » في الإرجاعات المشروحة في كلمات الميرزا هي طبعة مؤتمر تكريم الشيخ الأعظم قدّس سرّه .